L'accordo amministrativo specifica la struttura organizzativa di CECO.
L'organo principale è la commissione di vigilanza, composta dai direttori degli archivi responsabili. Essa approva il regolamento d'esercizio, il preventivo, i conti, il rapporto annuale e i singoli progetti e decide in merito all'adesione di nuovi enti responsabili. Elegge inoltre il comitato di gestione strategica e il suo presidente.
L'attuale presidente del comitato di vigilanza è Reto Weiss, Archivio di Stato dei Grigioni.
Il comitato di gestione strategica è l'organo direttivo del CECO e risponde direttamente alla commissione di vigilanza. È composto da un massimo di cinque membri che vengono eletti per tre anni. Il comitato di gestione strategica è responsabile dell'assunzione e della gestione tecnica del personale CECO. Si riunisce in base alle esigenze, ma almeno due volte l'anno. I membri del comitato di gestione strategica sono attualmente
Esther Baur, Staatsarchiv Basel-Stadt
Claudia Engler, Burgerbibliothek Bern (Sedia)
Pascal Föhr, Staatsarchiv Solothurn
Delphine Friedmann, Archives cantonales vaudoises
Jutta Hafner, Staatsarchiv Appenzell-Ausserrhoden
Il comitato consultivo fornisce un supporto specialistico alla segreteria del CECO. Il suo compito è di fornire alla segreteria spunti supplementari e un punto di vista esterno e di attirare la sua l’attenzione su temi e sviluppi futuri importanti. Questo rappresenta l'attuazione di una misura importante del campo d'azione « radar dell’innovazione e della tecnologia » della strategia CECO 2022-2026.
Nella seduta del 15 novembre 2023 la commissione di vigilanza ha nominato ufficialmente le seguenti persone:
Christian Keitel, Prof. Dr. Christian Keitel - Landesarchiv Baden-Württemberg (landesarchiv-bw.de)
Heinz Looser, www.vorfahren-nachfahren.ch, www.unsereGeschichte.ch
Basma Makhlouf Shabou, Makhlouf Shabou Basma - Professeure HES associée, responsable du Master en Sciences de l'information - Suchen Sie nach Mitarbeiter - HES-SO
Ruedi Mumenthaler, Rudolf Mumenthaler | Universitätsbibliothek Zürich | UZH
